東方Projectの生みの親であるZUNが手がける探偵物語、シリーズ第3章！幻想郷全体を巻き込んだ怨霊騒動がようやく収束し、霊たちは博麗神社の管理下に置かれることになった。しかし、新たな騒動が再び巻き起こる――霊を冥界へ送り返そうとする者、安らかに成仏させようとする者、そして霊を悪用しようとする者――それぞれの思惑が再びぶつかり合い始める…。